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プロテオーム統合データベースjPOSTを開発~アジア・オセアニア唯一の国際標準データリポジトリをスタート~

【概要】
 jPOST(Japan ProteOme STandard Repository / Database, https://jpost.org/)注1は、京都大学を中心としたオールジャパン体制で開発が進められているプロテオーム注2統合データベースです。国内外に散在している種々のプロテオームデータを標準化・統合化・一元管理したもので、多彩な生物種・翻訳後修飾注3・絶対発現量注4などの情報を含み、さまざまな解析が可能であるという特徴を有しています。
 今回、jPOSTデータリポジトリ注5システムを新たに開発し、全世界に向けて公開しました。本システムは、アジア・オセアニア地域における初めての国際標準プロテオームデータリポジトリであり、2016年度国際ヒトプロテオーム機構・プロテオミクス標準化構想会議(HUPO-PSI,2016年4月18-20日,ベルギー・ゲント市)において、国際標準のデータリポジトリシステムを提供するProteomeXchangeコンソーシアム注6の正式メンバーとして承認されました。今後、アジアを中心に世界中のプロテオームデータをjPOSTに収集することが可能となります。

【用語解説】
1.jPOST:Japan ProteOme STandard Repository/Database の略。2015年度から科学技術振興機構の支援のもと、6つの研究機関を中心にオールジャパン体制で開発を行っています。プロテオーム測定生データを収集するリポジトリの提供、データの再解析、再解析データのデータベース化を行っています。
2.プロテオーム:生体中に存在する各種タンパク質のすべて。タンパク質(protein)に「総体」を意味する接尾語(-ome)を組み合わせて、プロテオーム(proteome)と呼ばれるようになりました。
3.翻訳後修飾:タンパク質が、mRNA情報に基づいてポリペプチドとして合成(翻訳)された後に受ける様々な修飾のこと。アミノ酸残基への修飾として報告されているものが300種以上あり、代表的なものにリン酸化修飾があります。タンパク質は修飾後に本来の機能を発揮するものが多いとされています。
4.絶対発現量:それぞれのタンパク質について、細胞や組織の中でどのくらい発現しているかを絶対量として表したものです。
5.リポジトリ:データの一元的な貯蔵庫のこと。レポジトリと表記される場合もあります。
6.ProteomeXchangeコンソーシアム、PXC:2012年に英国の欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)および米国のシステム生物学研究所(ISB)の研究者が中心となり、プロテオームデータのリポジトリシステム連合体を組織しました。現在、PXC加盟リポジトリは、jPOSTを含めてEBI、ISBならびにカリフォルニア州立大学サンディエゴ校(UCSD)の4か所存在します。

【詳細】プレスリリース本文(PDF 521KB)

お問い合わせ
熊本大学大学院生命科学研究部
准教授 荒木 令江(あらき のりえ)
TEL:096-373-5119
FAX:096-373-5120
e-mail:nori※gpo.kumamoto-u.ac.jp
(※を@に置き換えてください)

 

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