包括連携協定等
令和3年1月1日現在
天草市（旧本渡市） [平成16年3月29日]
葦北郡芦北町 [平成18年12月4日]
熊本市 [平成19年4月26日]
水俣市 [平成19年8月4日]
熊本県、一般社団法人アジア法務サポートセンター [平成24年11月30日]
菊池市 [平成26年8月18日]
益城町 [平成29年4月12日]
荒尾市 [平成29年9月22日]
公益財団法人阿蘇地域振興デザインセンター [平成29年12月18日]
合志市[平成30年12月12日]
熊本県[平成31年2月20日]
南阿蘇村[令和元年8月30日]
多良木町 [令和2年12月21日]
財団法人阿蘇火山博物館久木文化財団 [平成18年4月21日]
放送大学 [平成22年11月20日]
国立大学法人北陸先端科学技術大学院大学 [平成28年7月27日]
国立研究開発法人産業技術総合研究所 [平成28年9月20日]
国立研究開発法人産業技術総合研究所、国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構、熊本県 [平成29年3月17日]
国立大学法人東京大学先端科学技術研究センター、熊本県 [平成29年4月10日]
国立大学法人鹿児島大学 [平成29年10月26日]
国立大学法人鹿児島大学 [平成31年3月18日]
国立研究開発法人科学技術振興機構 [令和2年4月1日]
※熊本地方創生推進協議会（会長 熊本大学長）として
富士電機システムズ株式会社 [平成17年8月23日]
DOWAホールディングス株式会社 [平成19年2月16日]
株式会社熊本日日新聞社 [平成23年2月23日]
特定非営利活動法人NEXT熊本 [平成23年4月13日]
不二ライトメタル株式会社 [平成23年9月1日]
熊本県、不二ライトメタル株式会社、株式会社日本医療機器技研 [平成27年9月28日]
熊本県、株式会社肥後銀行、一般社団法人熊本県工業連合会、株式会社リバネス [平成28年2月9日]
平田機工株式会社 [平成28年8月8日]
熊本県、熊本県商工会議所連合会、ミュージックセキュリティーズ株式会社、熊本県商工会連合会、熊本県中小企業団体中央会、熊本県中小企業家同友会 [平成28年12月26日]
株式会社あつまるホールディングス [平成29年5月9日]
熊本市、熊本県立大学、株式会社NTTドコモ [平成30年10月22日]
日本ユニシス株式会社[平成30年12月12日]
九州産業交通ホールディングス株式会社、株式会社マイスティア[平成31年4月17日]